Về tín ngưỡng, cùng chung mẫu số với biết bao làng quê nông nghiệp Việt Nam, ở Hương Toàn xưa nay nhân dân vẫn bảo lưu và phát triển các hoạt động văn hóa như thờ cúng tổ tiên, ông bà, các bậc tiền nhân; thờ cúng nhân các ngày tế lễ lớn trong năm như tết Nguyên đán, tết Đoan ngọ, ngày rằm tháng Bảy hoặc một số ngày lễ liên quan đến hoạt động nông nghiệp… Bên cạnh đó, người dân Hương Toàn cũng đặc biệt kính trọng và tôn kính hệ thống thần linh trong tín ngưỡng của người Việt và của cả thần linh của người bản địa trongtừ buổi đầu của hành trình khai hoang, lập làng. Các miếu thờ tiêu biểu hiện vẫn được người dân thờ cúng như: miếu thờ bà Thiên Y A Na, miếu thờ Thành hoàng ở Giáp Kiền, miếu thờ Bà bún ở Vân Cù, đền Âm hồn, cồn Thần Nông ở Giáp Trung… bên cạnh đó là hệ thống các miếu xóm mà dân làng vẫn thường xuyên phụng sự.
